醫療內窺鏡攝像機設備要做好清潔工作，一部分的醫療器械都是一次性的，多次使用的設備在使用前后都要做好消毒工作，避免病人之間發生交叉感染的情況，那么對于這種設備該如何消毒更好呢？醫療器械消毒所使用的消毒劑都要符合國家消毒管理辦法的規定，非國家規定的產品不能使用。

在使用消毒劑侵入氣泡時，那么應該先清洗和烘干醫用內窺鏡攝像機各關節部分，從而避免將水和有機物帶入消毒劑，避免影響消毒效果。

醫療內窺鏡也可以在高壓下消毒或是浸泡，需要拆卸內窺鏡的部件，使其能夠充分消毒，避免有未被消毒部分引起感染。

隨著內窺鏡攝像機技術的不斷進步，幾乎所欲的外科手術都可以通過微創手術完成，不適當的使用和管理內窺鏡是非常容易造成損害的，這就要求從事內窺鏡清洗，包裝和消毒工作的人員需要經過系統的培訓，掌握內窺鏡相關知識，并且在從事相應工作之前要做培訓等。