隨著醫療技術的不斷發展，參與性診斷、治療技術普遍應用于臨床，放療、化療以及抗菌藥物應用，加之疾病譜的變化和人口老齡化程度進步，使醫院感染的傳染源、傳染途徑和易感人群發生了改變。

醫院感染病原體的復雜性、多樣性及其新的演變趨勢，也給醫院感染治理和臨床診療工作提出了新課題。

抗菌藥物在臨床的不公道使用，耐藥菌造成的醫院感染成為醫院感染控制的難點之一。

據南京利昂醫療的總工程師了解，目前我國醫院感染治理并不盡如人意，一方面監管力度和監管效果達不到要求，對醫院存在的題目、隱患失察，發現題目也不能及時糾正。一方面有些地方還在沿用舊的標準，要求醫生用已經廢止的含氯消毒劑泡手；有的地方用不同的醫院感染標準要求醫院，讓醫院無所適從。

有些醫院對醫院感染的預防控制不重視，在感染治理人力、物力、財力方面投進不足或者根本不投進，醫務的基礎性工作方面存在諸多隱患。

例如檢查中發現，有些醫院吸引器的吸頭布滿油膩，有的腹腔鏡攝像機可以清洗的部位里都是血跡，達不到預防控制醫院感染的要求。